Zover ik weet:
Google ziet iedere subdomein, dus ook www, als een eigen domein. Er zit dus zeker verschil in.
Ik zelf link http://domeinnaam meestal met een 301 naar
www.domeinnaam 
waardoor er dus geen verschil meer in zit (en de links/"stemmen" naar http://domeinnaam zullen worden doorgegeven naar
www.domeinnaam 
)